Japanese Silkie Fowls are widely distributed in the Phylogenetic Tree derived from Mitochondrial complete D-loop Nucleotide Sequences

Jahan Rowshan1, Miyuki. Kumagae2, Masahide Nishibori3, Hiroshi Yasue4 and Yasuhiko Wada2 

1) United Graduate School of Agricultural Sciences, Kagoshima University, Kagoshima 890-8580, Japan
2) Faculty of Agriculture, Saga University, Saga 840-8502, Japan
3) Graduate School of Biosphere Science, Hiroshima University, Higashi-Hiroshima 739-8528, Japan
4) Genome Research Department, National Institute of Agrobiological Sciences, Tsukuba 305-8602, Japan

Summary

  The Silkie fowl (Gallus gallus var. domesticus) is distinct from other chicken breeds 
in terms of its appearance and behavioural characteristics. It is a Japanese native breed 
and has inhabited Japan since before the Edo era. Although the breed is considered 
to have originated in India and established in China and Japan, its evolutionary history 
and genetic relationship with other breeds are not clear. In this study, we determined 
the mitochondrial complete D-loop nucleotide sequences of 27 Silkie fowls and 3 other 
chicken breeds. In the Silkie fowls, we found 27 sites of single nucleotide polymorphism 
and 4 sites of single nucleotide insertion. Phylogenetic analysis revealed that the Silkie 
fowls, 9 other chicken breeds, 4 red jungle fowls and 42 haplotypes in Oka et al.(2007) 
were distributed in 5 clades. Silkie fowls belonged to 5 clades (A-E). These results suggest 
that Japanese Silkie fowls have high genetic divergence. However, all categories except 
SLSG (Saga Prefectural Livestock Experiment Station, white feathers) were distributed 
in only 1 or 2 clades, and 5 individuals with black feathers belonged to clade A. 
The Silkie fowl’s wide distribution in the phylogenetic tree suggests that old Asian breeds 
crossed with several chicken breeds that had unusual traits to establish the Silkie fowl breed.

Keywords: Silkie fowl; D-loop; phylogenetic tree; nucleotide sequence; evolutionary relationship

                                                          J. Poult. Sci. 48: 176-180. 2011

和文要約

日本の烏骨鶏はミトコンドリアの完全長D-loop塩基配列から得られた分子系統樹上で幅広く分布している

ジャーハン・ローシャン1・熊谷美幸2・西堀正英3・安江　博4・和田康彦2

1) 鹿児島大学連合農学研究科、鹿児島市　890-8580
2) 佐賀大学農学部、佐賀市　840-8502
3) 広島大学生物圏科学研究科、東広島市　739-8528
4) 農業生物資源研究所、つくば市　305-8602

  烏骨鶏(Gallus gallus var. domesticus)はその外観や習性において他の鶏品種と大きく異なっている。
烏骨鶏は日本在来鶏の１種であり、江戸時代以前から日本で飼育されていた。烏骨鶏の起源はインドで、
中国と日本で確立されたと考えられているが、その歴史や他の品種との遺伝的関連性は不明確である。
本研究では、27羽の烏骨鶏と3羽のその他の品種について、ミトコンドリアの完全長D-loop領域の塩基配列を
決定した。その結果、烏骨鶏には27か所の１塩基置換と4か所の1塩基挿入が認められた。これらの烏骨鶏と
9羽の他の鶏品種、4羽の赤色野鶏、Oka et al. (2007) で示された42のハプロタイプから分子系統樹を作成し、
その結果、5つのクレイドが得られた。烏骨鶏はそれら5つのクレイドすべてに存在した。これらの結果は
日本の烏骨鶏が大きな遺伝変異を持つことを示しているが、佐賀県畜産試験場を除いて、場所別で見ると
烏骨鶏は1,2のクレイドに属しており、5羽の黒羽の烏骨鶏がAクレイドに属していた。ミトコンドリアD-loopの
分子系統樹上で日本の烏骨鶏が広く分布していることから、古いアジア品種に烏骨鶏を規定するような特殊な
形質を持ったいくつかの品種が交雑された可能性が示唆された。

                                                       J. Poult. Sci. 48: 176-180. 2011